TY - JOUR T1 - A reference panel of 64,976 haplotypes for genotype imputation JF - bioRxiv DO - 10.1101/035170 SP - 035170 AU - Shane McCarthy AU - Sayantan Das AU - Warren Kretzschmar AU - Olivier Delaneau AU - Andrew R. Wood AU - Alexander Teumer AU - Hyun Min Kang AU - Christian Fuchsberger AU - Petr Danecek AU - Kevin Sharp AU - Yang Luo AU - Carlo Sidore AU - Alan Kwong AU - Nicholas Timpson AU - Seppo Koskinen AU - Scott Vrieze AU - Laura J. Scott AU - He Zhang AU - Anubha Mahajan AU - Jan Veldink AU - Ulrike Peters AU - Carlos Pato AU - Cornelia M. van Duijn AU - Christopher E. Gillies AU - Ilaria Gandin AU - Massimo Mezzavilla AU - Arthur Gilly AU - Massimiliano Cocca AU - Michela Traglia AU - Andrea Angius AU - Jeffrey Barrett AU - Dorret I. Boomsma AU - Kari Branham AU - Gerome Breen AU - Chad Brummet AU - Fabio Busonero AU - Hariy Campbell AU - Andrew Chan AU - Sai Chen AU - Emily Chew AU - Francis S. Collins AU - Laura Corbin AU - George Davey Smith AU - George Dedoussis AU - Marcus Dorr AU - Aliki-Eleni Farmaki AU - Luigi Ferrucci AU - Lukas Forer AU - Ross M. Fraser AU - Stacey Gabriel AU - Shawn Levy AU - Leif Groop AU - Tabitha Harrison AU - Andrew Hattersley AU - Oddgeir L. Holmen AU - Kristian Hveem AU - Matthias Kretzler AU - James Lee AU - Matt McGue AU - Thomas Meitinger AU - David Melzer AU - Josine Min AU - Karen L. Mohlke AU - John Vincent AU - Matthias Nauck AU - Deborah Nickerson AU - Aarno Palotie AU - Michele Pato AU - Nicola Pirastu AU - Melvin Mclnnis AU - Brent Richards AU - Cinzia Sala AU - Veikko Salomaa AU - David Schlessinger AU - Sebastian Schoenheer AU - P Eline Slagboom AU - Kerrin Small AU - Timothy Spector AU - Dwight Stambolian AU - Marcus Tuke AU - Jaakko Tuomilehto AU - Leonard Van den Berg AU - Wouter Van Rheenen AU - Uwe Volker AU - Cisca Wijmenga AU - Daniela Toniolo AU - Eleftheria Zeggini AU - Paolo Gasparini AU - Matthew G. Sampson AU - James F. Wilson AU - Timothy Frayling AU - Paul de Bakker AU - Morris A. Swertz AU - Steven McCarroll AU - Charles Kooperberg AU - Annelot Dekker AU - David Altshuler AU - Cristen Wilier AU - William Iacono AU - Samuli Ripatti AU - Nicole Soranzo AU - Klaudia Walter AU - Anand Swaroop AU - Francesco Cucca AU - Carl Anderson AU - Michael Boehnke AU - Mark I. McCarthy AU - Richard Durbin AU - Gonçalo Abecasis AU - Jonathan Marchini Y1 - 2016/01/01 UR - http://biorxiv.org/content/early/2016/04/05/035170.abstract N2 - We describe a reference panel of 64,976 human haplotypes at 39,235,157 SNPs constructed using whole genome sequence data from 20 studies of predominantly European ancestry. Using this resource leads to accurate genotype imputation at minor allele frequencies as low as 0.1%, a large increase in the number of SNPs tested in association studies and can help to discover and refine causal loci. We describe remote server resources that allow researchers to carry out imputation and phasing consistently and efficiently. ER -