TY - JOUR T1 - A contribution of novel CNVs to schizophrenia from a genome-wide study of 41,321 subjects: CNV Analysis Group and the Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium JF - bioRxiv DO - 10.1101/040493 SP - 040493 AU - Christian R. Marshall AU - Daniel P. Howrigan AU - Daniele Merico AU - Bhooma Thiruvahindrapuram AU - Wenting Wu AU - Douglas S. Greer AU - Danny Antaki AU - Aniket Shetty AU - Peter A. Holmans AU - Dalila Pinto AU - Madhusudan Gujral AU - William M. Brandler AU - Dheeraj Malhotra AU - Zhouzhi Wang AU - Karin V. Fuentes Fajarado AU - Stephan Ripke AU - Ingrid Agartz AU - Esben Agerbo AU - Margot Albus AU - Madeline Alexander AU - Farooq Amin AU - Joshua Atkins AU - Silviu A. Bacanu AU - Richard A. Belliveau, Jr AU - Sarah E. Bergen AU - Marcelo Bertalan AU - Elizabeth Bevilacqua AU - Tim B. Bigdeli AU - Donald W. Black AU - Richard Bruggeman AU - Nancy G. Buccola AU - Randy L. Buckner AU - Brendan Bulik-Sullivan AU - William Byerley AU - Wiepke Cahn AU - Guiqing Cai AU - Murray J. Cairns AU - Dominique Campion AU - Rita M. Cantor AU - Vaughan J. Carr AU - Noa Carrera AU - Stanley V. Catts AU - Kimberley D. Chambert AU - Wei Cheng AU - C. Robert Cloninger AU - David Cohen AU - Paul Cormican AU - Nick Craddock AU - Benedicto Crespo-Facorro AU - James J. Crowley AU - David Curtis AU - Michael Davidson AU - Kenneth L Davis AU - Franziska Degenhardt AU - Jurgen Del Favero AU - Lynn E. DeLisi AU - Ditte Demontis AU - Dimitris Dikeos AU - Timothy Dinan AU - Srdjan Djurovic AU - Gary Donohoe AU - Elodie Drapeau AU - Jubao Duan AU - Frank Dudbridge AU - Peter Eichhammer AU - Johan Eriksson AU - Valentina Escott-Price AU - Laurent Essioux AU - Ayman H. Fanous AU - Kai-How Farh AU - Martilias S. Farrell AU - Josef Frank AU - Lude Franke AU - Robert Freedman AU - Nelson B. Freimer AU - Joseph I. Friedman AU - Andreas J. Forstner AU - Menachem Fromer AU - Giulio Genovese AU - Lyudmila Georgieva AU - Elliot S. Gershon AU - Ina Giegling AU - Paola Giusti-Rodríguez AU - Stephanie Godard AU - Jacqueline I. Goldstein AU - Jacob Gratten AU - Lieuwe de Haan AU - Marian L. Hamshere AU - Mark Hansen AU - Thomas Hansen AU - Vahram Haroutunian AU - Annette M. Hartmann AU - Frans A. Henskens AU - Stefan Herms AU - Joel N. Hirschhorn AU - Per Hoffmann AU - Andrea Hofman AU - Mads V. Hollegaard AU - David M. Hougaard AU - Hailiang Huang AU - Masashi Ikeda AU - Inge Joa AU - K Kähler Anna AU - René S Kahn AU - Luba Kalaydjieva AU - Juha Karjalainen AU - David Kavanagh AU - Matthew C. Keller AU - Brian J. Kelly AU - James L. Kennedy AU - Yunjung Kim AU - James A. Knowles AU - Bettina Konte AU - Claudine Laurent AU - Phil Lee AU - S. Hong Lee AU - Sophie E. Legge AU - Bernard Lerer AU - Deborah L. Levy AU - Kung-Yee Liang AU - Jeffrey Lieberman AU - Jouko Lönnqvist AU - Carmel M. Loughland AU - Patrik K.E. Magnusson AU - Brion S. Maher AU - Wolfgang Maier AU - Jacques Mallet AU - Manuel Mattheisen AU - Morten Mattingsdal AU - Robert W McCarley AU - Colm McDonald AU - Andrew M. McIntosh AU - Sandra Meier AU - Carin J. Meijer AU - Ingrid Melle AU - Raquelle I. Mesholam-Gately AU - Andres Metspalu AU - Patricia T. Michie AU - Lili Milani AU - Vihra Milanova AU - Younes Mokrab AU - Derek W. Morris AU - Ole Mors AU - Bertram Müller-Myhsok AU - Kieran C. Murphy AU - Robin M. Murray AU - Inez Myin-Germeys AU - Igor Nenadic AU - Deborah A. Nertney AU - Gerald Nestadt AU - Kristin K. Nicodemus AU - Laura Nisenbaum AU - Annelie Nordin AU - Eadbhard O’ Callaghan AU - Colm O’ Dushlaine AU - Sang-Yun Oh AU - Ann Olincy AU - Line Olsen AU - F. Anthony O’ Neill AU - Jim Van Os AU - Christos Pantelis AU - George N. Papadimitriou AU - Elena Parkhomenko AU - Michele T. Pato AU - Tiina Paunio AU - Psychosis Endophenotypes International Consortium AU - Diana O. Perkins AU - Tune H. Pers AU - Olli Pietiläinen AU - Jonathan Pimm AU - Andrew J. Pocklington AU - John Powell AU - Alkes Price AU - Ann E. Pulver AU - Shaun M. Purcell AU - Digby Quested AU - Henrik B. Rasmussen AU - Abraham Reichenberg AU - Mark A. Reimers AU - Alexander L. Richards AU - Joshua L. Roffman AU - Panos Roussos AU - Douglas M. Ruderfer AU - Veikko Salomaa AU - Alan R. Sanders AU - Adam Savitz AU - Ulrich Schall AU - Thomas G. Schulze AU - Sibylle G. Schwab AU - Edward M. Scolnick AU - Rodney J. Scott AU - Larry J. Seidman AU - Jianxin Shi AU - Jeremy M. Silverman AU - Jordan W. Smoller AU - Erik Söderman AU - Chris C.A. Spencer AU - Eli A. Stahl AU - Eric Strengman AU - Jana Strohmaier AU - T. Scott Stroup AU - Jaana Suvisaari AU - Dragan M. Svrakic AU - Jin P. Szatkiewicz AU - Srinivas Thirumalai AU - Paul A. Tooney AU - Juha Veijola AU - Peter M. Visscher AU - John Waddington AU - Dermot Walsh AU - Bradley T. Webb AU - Mark Weiser AU - Dieter B. Wildenauer AU - Nigel M. Williams AU - Stephanie Williams AU - Stephanie H. Witt AU - Aaron R. Wolen AU - Brandon K. Wormley AU - Naomi R Wray AU - Jing Qin Wu AU - Clement C. Zai AU - Wellcome Trust Case-Control Consortium AU - Rolf Adolfsson AU - Ole A. Andreassen AU - Douglas H.R. Blackwood AU - Anders D. Børglum AU - Elvira Bramon AU - Joseph D. Buxbaum AU - Sven Cichon AU - David A. Collier AU - Aiden Corvin AU - Mark J. Daly AU - Ariel Darvasi AU - Enrico Domenici AU - Tõnu Esko AU - Pablo V. Gejman AU - Michael Gill AU - Hugh Gurling AU - Christina M. Hultman AU - Nakao Iwata AU - Assen V. Jablensky AU - Erik G Jönsson AU - Kenneth S Kendler AU - George Kirov AU - Jo Knight AU - Douglas F. Levinson AU - Qingqin S Li AU - Steven A McCarroll AU - Andrew McQuillin AU - Jennifer L. Moran AU - Preben B. Mortensen AU - Bryan J. Mowry AU - Markus M. Nöthen AU - Roel A. Ophoff AU - Michael J. Owen AU - Aarno Palotie AU - Carlos N. Pato AU - Tracey L. Petryshen AU - Danielle Posthuma AU - Marcella Rietschel AU - Brien P. Riley AU - Dan Rujescu AU - Pamela Sklar AU - David St. Clair AU - James T.R. Walters AU - Thomas Werge AU - Patrick F. Sullivan AU - Michael C O’Donovan AU - Stephen W. Scherer AU - Benjamin M. Neale AU - Jonathan Sebat Y1 - 2016/01/01 UR - http://biorxiv.org/content/early/2016/02/23/040493.abstract N2 - Genomic copy number variants (CNVs) have been strongly implicated in the etiology of schizophrenia (SCZ). However, apart from a small number of risk variants, elucidation of the CNV contribution to risk has been difficult due to the rarity of risk alleles, all occurring in less than 1% of cases. We sought to address this obstacle through a collaborative effort in which we applied a centralized analysis pipeline to a SCZ cohort of 21,094 cases and 20,227 controls. We observed a global enrichment of CNV burden in cases (OR=1.11, P=5.7e−15), which persisted after excluding loci implicated in previous studies (OR=1.07, P=1.7e−6). CNV burden is also enriched for genes associated with synaptic function (OR = 1.68, P = 2.8e−11) and neurobehavioral phenotypes in mouse (OR = 1.18, P=7.3e−5). We identified genome-wide significant support for eight loci, including 1q21.1, 2p16.3 (NRXN1), 3q29, 7q11.2, 15q13.3, distal 16p11.2, proximal 16p11.2 and 22q11.2. We find support at a suggestive level for nine additional candidate susceptibility and protective loci, which consist predominantly of CNVs mediated by non-allelic homologous recombination (NAHR). ER -